Vologda ndodhet në bregun e djathtë të lumit me të njëjtin emër, i cili është një rrugë ujore e lashtë që lidhte këtë qytet përmes pellgjeve të lumenjve Sukhona dhe Sheksna me Arkhangelsk.
Për herë të parë në burimet historike qyteti u përmend në shekullin XII. Në shekullin e 15 -të, Vologda u sundua nga Veliky Novgorod. Nga 1462 për njëzet vjet Vologda ishte qendra e principatës së apanazhit, por nga 1481 ajo ra nën sundimin e principatës së Moskës, sundimtari i së cilës ishte atëherë Ivan III.
Në 1565 Ivani i Tmerrshëm vendosi të krijojë rezidencën e tij të dytë oprichnina në Vologda. Ai donte të ndërtonte një Kremlin të gurtë dhe një kështjellë këtu. Mijëra artizanë dhe fshatarë u çuan në Vologda dhe ndërtimi u drejtua nga inxhinieri anglez H. Locke. Në plan, Kremlini ishte një drejtkëndësh. Në anën veriore, ajo mbrohej nga lumi Vologda, dhe në të dy anët u gërmua një hendek me ujë. Por bastisja e Khanit të Krimesë në 1571 dhe murtaja që filloi në Vologda e detyroi Ivan IV të kthehej në Moskë. Me largimin e mbretit, ndërtimi pushoi.
Për shkak të mungesës së fortifikimeve serioze, Vologda vuajti shumë nga pushtimi i ushtrisë polako-lituaneze në 1612. Por qyteti u rindërtua shpejt dhe madje tejkaloi madhësinë e tij të mëparshme. Deri në fund të shekullit të 17 -të, qendra historike e Vologda përbëhej nga katër pjesë: Qyteti, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad dhe Zarechye. Sidoqoftë, në fillim të shekullit të 18 -të, pozicioni ekonomik i Vologda u dobësua disi për shkak të themelimit të Shën Petersburg dhe zhvillimit të tregtisë në Detin Baltik.
Në 1708 Vologda u përfshi në rajonin e Arkhangelsk. Por tashmë në 1719 qyteti u bë qendra e provincës Vologda, dhe në 1796 - qendra e provincës Vologda, e cila ekzistonte deri në 1929.
Në shekullin XIX, qyteti u bë një vend mërgimi politik për shumë anëtarë të inteligjencës. Në 1918, Vologda luajti rolin e "kryeqytetit diplomatik" të Rusisë për 5 muaj. Pas përfundimit të Traktatit të Paqes në Brest, ambasadat dhe misionet e 11 shteteve kryesore u zhvendosën përkohësisht këtu, në veçanti: SHBA, Britania e Madhe, Franca, Japonia, Kina, Brazili, etj.
Tani Vologda është një qendër e njohur turistike e vizituar nga rusët dhe turistët e huaj.
